Kako kreacionisti objasnjavaju ERV viruse

[Juan Valdez]

Ja se izvinjavam ali nit ove rasprave mi je izmakla u čitanju negde na 3. stranici tako da sam odusto, ali me i dalje nešto kopka pa ako može jedan odgovor na pitanje:

Ako se tragovi ERV virusa nalaze na identičnim mestima kod ljudi, čimpanzi, makaki majmuna...  da li se ovi isti tragovi nalaze u genomu drugih životinja, npr. miševa, riba, ili kukuruza?

Da li se tu može pronaći dokaz da su miševi i ljudi imali istog pretka?

Ili miševi i kukuruz?

Da naravno, i to ne samo na osnovu ERV, virusa vec i na osnovu junk DNK delova i poznavajuci brzinu akumulacije mutacija mozemo da izvedemo jako precine hirearijske odnose srodstva izmedju razlicitih vrsta koje se uvek poklapaju sa morfoloskim, embrioloskim, paleontoloskim i biogeografskim modelom evolucionog drveta.

Чиста случајност. Ма не! Намештаљка еволуциониста! Ајде признај колико си пара добио да млатиш о овоме (и пошаљи мени мало, изгледа да овог месеца ти масони, сороши или ко већ, касне са уплатом)! 

[sqny]

Чиста случајност. Ма не! Намештаљка еволуциониста! Ајде признај колико си пара добио да млатиш о овоме (и пошаљи мени мало, изгледа да овог месеца ти масони, сороши или ко већ, касне са уплатом)!  0442_feel

Ma sutra se nalazim sa aquiliom, pa idemo kod Dokinsa da nam da procenat.

[Aquilius Cratus]

Чиста случајност. Ма не! Намештаљка еволуциониста! Ајде признај колико си пара добио да млатиш о овоме (и пошаљи мени мало, изгледа да овог месеца ти масони, сороши или ко већ, касне са уплатом)!  1405_love

Ma sutra se nalazim sa aquiliom, pa idemo kod Dokinsa da nam da procenat.

Ihaaaa taman sa utanjio sa kintom a tu je soping za pagansko masonksu novu godinu. 0442_feel

[Andronik]

Ako se tragovi ERV virusa nalaze na identičnim mestima kod ljudi, čimpanzi, makaki majmuna...  da li se ovi isti tragovi nalaze u genomu drugih životinja, npr. miševa, riba, ili kukuruza?

Da li se tu može pronaći dokaz da su miševi i ljudi imali istog pretka?

Ili miševi i kukuruz?

Pročitaj moj post gore više, onaj na engleskom iz privatne korespondencije. 

[Juan Valdez]

Odgovoriću prvo na ovu drugu poruku, pošto jeste važno:

Управо сам налетео на вест која је занимљива за наш разговор: "No Such Thing As 'Junk RNA,' Say Researchers"

http://www.sciencedaily.com/releases/2009/10/091013105809.htm

Uhm, Zvonko, pazi na slova! Ovde se kaže da ne postoji "junk RNA". Tvoje ideje su se vrtele oko junk DNA, veoma različite stvari. Detalji, detalji...uvek ubijaju.

Hajde da iskoristim priliku i da jednom zasvagda (mogu da se nadam  ) raščistim celu priču o otpacima u genomu, pošto je sve to veoma različito od onoga što pripadnici ID pokreta pričaju.

Šta je to džank DNK?

Kada je otkrivena priroda DNK molekula, i kada je otkriveno da se geni (tj. nasledni elementi) nalaze u okviru DNK, pretpostavka je bila da je sva DNK funkcionalna - tj. da svaki komad i slovo u genomu, sa možda malecnim izuzecima, nosi u sebi nekakvo značenje. Ovo sledi iz tadašnjeg razumevanja evolucije: pošto prirodna selekcija eliminiše nepotrebno ulaganje energije, za očekivanje bi bilo da se nepotrebni delovi genoma rapidno uklanjaju.

Ovo očekivanje, međutim, je samo donekle tačno. Naime, geni koji prestanu da budu upotrebljivi (tj. geni na koje više ne postoji selektivni pritisak) mutiraju i polako nestaju iz genoma. Evolucija, takođe, polako eliminiše velike regione unutar genoma koji se sastoje od neupotrebljive sekvence. Međutim, postoje dve osnovne sile (i gomila malih sporednih stvari) koje se protive ovom trendu u relativno kraćim periodima vremena.

Prvi je mejozna rekombinacija. Naime, u toku rekombinacije, dva hromozoma (jedan od majke i jedan od oca) se postave paralelno jedan sa drugim, i onda se između njih razmene delovi DNK koji su dovoljno slični. Ovo je pravi razlog zbog koga uopšte i postoji seksualna reprodukcija - jer omogućava brže kombinovanje pozitivnih mutacija i povećava genetsku raznovrsnost vrste (povećavajući time otpornost prema bolestima i parazitima). Brisanja degenerisanih delova genoma mogu da ometu ovaj proces - recimo, ako je jedan hromozom izgubio veliki deo, čak iako je taj deo danas neupotrebljiv, ovo može da spreči mejoznu rekombinaciju sa hromozomom koji nije izgubio taj fragment, i da time minira proizvodnju semenih ćelija koje bi taj gubitak prenele u buduće generacije.

Drugi su retrovirusi, koji proizvode retrotranspozone. O ovome smo već govorili u prethodnoj poruci, ali vredi ponoviti osnovu. Retrovirusi se integrišu u genom tako što prepoznaju dve sekvence, koje isecaju sa jednog mesta (zajedno sa bilo kakvom sekvencom koja se nalazi između ove dve signalne), i onda ubacuju to parče na neko drugo mesto. U toku infekcije, ovo dovodi do isecanja virusne DNK iz virusnog genoma, i integracije u genom domaćinske ćelije. No, pošto je gen za transpozazu, protein koji vrši ovo prebacivanje, sada takođe integrisan i aktivan u genomu domaćina, on nastavlja da povremeno iseca i prebacuje. Uz neke dodatne komplikacije povezane sa replikacijom i popravkom DNK, ovo dovodi do sve veće i veće količine kopija tog retrovirusnog ubačenog dela u okviru genoma.

Zbog ovoga, kratkoročno (u evolucionom smislu - znači na nekoliko desetina ili stotina miliona godina) je moguća akumulacija velike količine đubreta u genomu, koja se ređe (ali u većim komadima) eliminiše u toku evolucije.

Bilo je potrebno nekoliko decenija rada i dokazivanja da bi naučnici prihvatili postojanje nefunkcionalne "džank DNK" uopšte; konačni dokaz je bila eliminacija džank DNK iz nekoliko vrsta (recimo, brisanje više stotina miliona bp džank DNK iz genoma miševa) bez ikakvog efekta na njihov život ili sposobnosti. Pritom, svi su očekivali da neki delovi te naizgled nefunkcionalne DNK ipak imaju neku funkciju, i neke takve funkcije su zaista otkrivene. Pogledajmo ovo detaljnije...

- Oko 42% ljudskog genoma je apsolutni transpozonski džank. Ovde nema govora o nekoj skrivenoj funkciji, nečemu što još ne razumemo, ili nekoj dalekoj mogućnosti da tu "ipak ima nečega". Za retrotranspozone čvrsto znamo da nemaju nikakvu biološku funkciju, i da predstavljaju ostatak davnih retrovirusnih infekcija.

- Približno 10% ljudskog genoma (ne postoji čvrsta cifra, ovo je moja lična i verovatno dobrim delom pogrešna procena) čine procesirani pseudogeni. Radi se o duplikacijama postojećih gena koje su proizvedene kroz akciju transpozaza. Neki od ovakvih gena su verovatno funkcionalni, ali velika većina njih svakako nije. Možemo ovde reći sa visokim nivoom sigurnost da je od tih 10% maksimalno 1% uključen čak i u neke najbleđe funkcije (i to uz veliko preterivanje: do sada nađena funkcionalnost je oko 0,01%).

- Dodatnih 20% ljudskog genoma (opet, veoma otprilike procena) su neprocesirani pseudogeni. Ovde spadaju evolucioni ostaci, kao što su ranije pominjani geni za receptore mirisa. Mi imamo nekoliko hiljada takvih gena koji polako mutiraju u propast u našem genomu. Opet, šanse su da će se među ovim pseudogenima naći bar nekoliko koji su očuvali nekakvu biološku funkciju. No, velika većina takvu funkciju nema. Opet, možemo veoma sigurno reći da je od gornjih 20%, manje od 1% možda uključeno u bilo kakve funkcije, dok je ostalo čisti džank (opet, ovde strahovito preterujemo, do sada nađena funkcionalost je ukupno pet gena, od više desetina hiljada).

-Još oko 25% čine druge džank sekvence, kao što su introni, terminatori, UTR-ovi, i tome slične stvari. Među ovima se nalazi značajan broj funkcionalnih elemenata. Recimo, 3' UTR regioni se nalaze ispred gena, i transkribuju se u RNK zajedno sa genom; zatim, oni kontrolišu transport RNK do mesta za lokalnu translaciju. Drugi primer su neki introni, koji mogu da ograniče splajsing konačne verzije RNK, i time regulišu genetsku dozu. Ali svi ovi funkcionalni regioni su udenuti u ogromne oblasti potpuno nefunkcionalne sekvence. Od ovih 25%, možda je 1-2% funkcionalno u najboljem slučaju.

- Oko 1% čine nekodirajuće RNK. Većina ljudi zna da se DNK transkribuje u RNK, a da se odatle prevodi (translacija) u proteinske sekvence. Nekodirajuće RNK se traskribuju na osnovu DNK, ali ne idu dalje - ne proizvode proteine. Ovo je predmet ove vesti koju si gore poslao, Zvonko. Naime, nakon što je otkrivena džank DNK, otkriveno je da neki pseudogeni i neke naizgled ne-genetske sekvence ipak bivaju transkribovane, uglavnom u veoma kratke RNK molekule (par desetina baznih parova). Pošto se nije videla nikakva funkcija, data je hipoteza da se radi o džank RNK - sekvencama koje se prosto slučajno transkribuju. Međutim, ubrzo su otkriveni proteini koji zavise od malih RNK molekula, pa zatim su otkrivene siRNK koje regulišu nivoe aktivnosti određenih gena, a sada su nađene i funkcije za većinu preostalih. Otud, ova vest ne znači da ne postoji džank DNK, već da važi pravilo: DNK koja se transkribuje skoro sigurno ima i biološku funkciju.

- Na kraju, manje od 2% čine geni, kojih u ljudskom genomu ima oko 25000.

Na čemu nas ovo ostavlja? Oko 6-7% ljudske DNK je verovatno funkcionalno. Postoji veoma mala mogućnost da je ovaj broj nešto veći, možda i do 10%. Ali ostatak ljudskog genoma, preostalih 90%, je akumulirano evoluciono đubre, koga se ne možemo otarasiti uglavnom zbog problema sa mejozom koji bi tako nastali.

Nadam se da je ovo bar donekle razumljivo? Ako ima pitanja, naravno, slobodno napred...

Брате, за мене је ово заиста неравноправна утакмица јер ја ствари пратим само колико стигнем (а то није пуно) и покушавам да стекнем општу слику ствари колико је то могуће, а ти си очигледно веома добар у својој струци. Можда нисам био довољно прецизан, али ја нисам желео да "докажем супротно" у тексту који си прокоментарисао већ само да покажем да није исто разговарати о томе како нешто функционише данас и како је настало.

Razumem te, Zvonko, i drago mi je što se informišeš. Uvek je dobro znati, i cenim tvoj rad na pokušajima da se razumeju osnovne stvari ovde.

No, ono o čemu dugo tupim je osnovna pretpostavka koja se nalazi u tvom stavu. Ti posmatraš ovo i vidiš tu dvoznačnosti, a povremeno i dokaze protiv evolucije. I onda ih izlažeš. Moje pitanje je prosto: ako tu zaista postoje dvoznačnosti ili dokazi protiv evolucije, zar zaista misliš da ljudi koji su ih otkrili nisu to primetili?

Da dokazi iz genetike zaista ukazuju na Inteligentni Dizajn, svi bi smo mi bili na strani ID pokreta!

Problem koji nastaje ovde je duboka pretpostavka da su naučnici toliko zadrti ili antireligiozni da ili ne primećuju ili namerno ignorišu dokaze koji pokazuju tačnost Inteligentnog Dizajna. U stvarnosti, radi se o nečem mnogo prostijem: dokazi nedvoznačno ukazuju da ID hipoteza nije tačna, ali su ti dokazi veoma kompleksni i teški za razumevanje.

Tako je i ovde. Ti kažeš, nije isto razgovarati o tome kako nešto funkcioniše, i kako je to nešto nastalo. Potpuno si u pravu. Međutim, kada pričamo o tome kako je nešto nastalo, i dalje imamo veoma čvrste dokaze koji se ne slažu sa ID postavkom.

Trećim rečima:

Зато завршавам питањима, а не констатацијама. Претпостављам да би се сложио са мном да је видео који је Аквилије поставио ("Irrefutable Evidence for Evolution - ERV's") ипак превише поједностављена слика ствари. Јасно је да су ендогени ретро-вируси веома важна тема, али није тачно да недвосмислено доказују да је читав живи свет настао од неке пра-амебе мутацијама и природном селекцијом. Дакле, јесте "аргумент у прилог ТЕ", али није "необориви доказ еволуције" који решава све дилеме.

...tehnički si u pravu, ovo nije "neoborivi dokaz evolucije", uvek postoji mogućnost da tu ima dodatnih komplikacija. Ali moguće i verovatno nisu ista stvar.

Ovo je veoma snažan dokaz, čak uzet i sam po sebi. A u kombinaciji sa svim drugim stvarima, prosto postaje sve teže i teže ignorisati sve njih. U principu, čovek kome svi ovi dokazi nisu dovoljni sasvim očigledno ima veoma specijalan odnos prema evoluciji, pošto za većinu drugih stvari u nauci imamo mnogo manje mnogo slabijih dokaza.

Prosto, kada se nešto pokaže na toliko različitih načina i kroz toliko logički i fizički nezavisnih uzročno-posledičnih veza, da li se dalja sumnja može nazvati razumnom, po bilo kojoj definiciji te reči?

Ми посматрамо одређени систем у ограниченом времену, уочимо неке правилности и механизме, а онда покушамо да то екстраполирамо у далеку прошлост. Ту смо увек у великој опасности да одемо у погрешном смеру. Хајде да баталимо биологију, да погледамо како се неопрезно понекад разговара о "Великом Праску". Људи нису свесни да је у питању само једна апстракција, сингуларитет неких математичких функција (http://en.wikipedia.org/wiki/Friedmann_equations), а да су функције које користимо за опис физичких појава по правилу употребљиве само у веома ограниченим интервалима. Да не буде забуне - дефинитивно је "некада" у прошлости "нешто" било што се уклапа у овај модел и ми имамо Хаблов закон, позадинско зрачење итд. Међутим, далеко је да буде "чињеница" у коју смо 100% сигурни као да смо били присутни када се десило... Реално - немамо појма како је настао Космос, а само наслућујемо шта узрокује појаве које покушавамо да објаснимо.

Opet, tehnički si u pravu. Veliki Prasak je svakako neuporedivo slabije dokazan nego evoluciona prošlost živog sveta.

No, opet, pitanje je kolika količina dokaza je dovoljna da sumnju prenese iz razumne u nerazumnu.

Veliki Prasak je počeo kao apstrakcija, ekstrapolacija iz teorije. Na osnovu te ekstrapolacije je predviđeno da će jednom u budućnosti biti nađene određene vrednosti pozadinskog zračenja. I onda, šta se desilo? To je i nađeno:

Na gornjem grafu se nalazi linija koja pokazuje teorijsko predviđanje. Tačke na toj liniji su rezultati merenja više decenija kasnije. Poklapanje je savršeno.

No, ovo je samo početak priče. U trenutku kada je CMB otkriven, Hablov zakon je već bio poznat, i on se takođe uklapao u pretpostavke Velikog Praska. No, mogle su biti urađene i dalje analize. Recimo, predviđena je rata nukleosinteze prvobitnih elemenata (odnos počentog vodonika, helijuma i litijuma) - koja se više decenija kasnije pokazala tačnom. Napravljeni su modeli formacije zvezda i galaksija, koji se uklapaju sa obzervacijama. Itd.

Ilustrativno je pogledati i jedan problem, kao i njegovo rešenje. Iz osnovnog modela Velikog Praska slede činjenice o veličini i prirodi univerzuma koje se uopšte ne slažu sa osnovnim obzervacijama. Matematički, potpuno teorijsko rešenje ovog problema je da se napravi pretpostavka o brzom povećanju (inflaciji) prostorvremenskog kontinuuma u toku prvih par delića sekunde nakon Velikog Praska. Za ovo decenijama nije bilo nikakvog realnog dokaza: jedini razlog zbog koga su kosmolozi verovali u to je što tako ispada u matematičkom modelu.

No, onda je došao WPAM, i našao je Harison-Zel'dovič spektar, koji je krajnje detaljna i potpuno predviđena posledica inflacije.

Zašto sve ovo govorim?

Ti si tehnički u pravu: uvek može postojati nešto drugo što nismo uvideli, što onda dovodi u sumnju osnovnu teoriju. Ali koliko je to verovatno? Moguće je, recimo, da smo mi propustili da uvidimo nešto u vezi osnovnih zakona inercije i gravitacije, i da će otud pet sekundi nakon što pročitaš ovaj tekst Zemlja odjednom da promeni pravac kretanja, a Sunce će odjednom početi da se okreće oko Zemlje. Ovo nije nemoguće - možemo to da zamislimo (pa čak i da napravimo matematički model za to). Ali da li je razumno verovati u to? Da li je sumnja u heliocentrični model razumna?

Isto važi i za Veliki Prasak. Kolika je verovatnoća da teorija koja je u osnovi netačna predvidi obzervacije koje se do sitnih detalja toliko uklapaju u predviđeno? Recimo, inflacija, koja je verovatno najslabije potvrđen deo cele teorije - ako ona nije tačna, onda smo slučajno naleteli na matematički model koji predviđa detalje anizotropije do najsitnijih detalja. Koje su šanse za to? Koje su šanse da smo slučajno naleteli na nešto što do takvih detalja izgleda tačno, ali u stvari nije?

Zamisli da neko sedne i izračuna putanju granate iz topa. Kaže: ovaj top će opaliti, granata će odleteti u orbitu, napraviće tačno 103456 orbitalnih krugova oko Zemlje, i onda će tri godine, dvanaest dana, četiri sata i pet sekundi kasnije pasti tačno na sam vrh trećeg obeliska u Egipatskoj Dolini Kraljeva. I onda top opali, granata odleti u orbitu, napravi tačno 103456 orbitalnih krugova oko Zemlje, i onda tri godine, dvanaest dana, četiri sata i pet sekundi kasnije padne tačno na sam vrh trećeg obeliska u Egipatskoj Dolini Kraljeva.

I sada neko dođe i kaže "Kalkulacija koju je taj matematičar uradio je pogrešna, i samo se slučajno desilo da ona pogodi šta će se desiti." Da li bi to bila razumna pretpostavka? A zamisli da taj matematičar, i istih osnova, tako izračuna deset različitih putanja iz deset različitij jednako kompleksnih problema, i svi oni se pokažu tačnim? Da li je razumno i dalje sumnjati?

A isto važi i za evoluciju. Jeste, kao što se stalno ovde raspravljamo, svaki pojedinačan dokaz može biti netačan. Moguće je da postoji nešto drugo sa retrovirusima čega još nismo svesni. Moguće je da to postoji i sa pseudogenima. Moguće je da postoji neko drugo objašnjenje za ugnježdenu hijerarhiju. Moguće je da postoje druga objašnjenja za biološke naslage i za red fosila. Moguća je da postoji neko drugo objašnjenje za svaki pojedinačni niz prelaznih oblika. Moguće je da postoji neko drugo objašnjenje za filogenetsku analizu. Moguće je...

Sve je to pojedinačno moguće. Ali u kombinaciji?

Ti si više puta pomenuo ovde planinu Rašmor, koja je oblikovana u vidu lica četiri Američka predsednika. Navodiš to kao primer razlikovanja inteligentnog dizajna. Međutim, uzmimo i procenimo ovo po nivou dokaza koga zahtevaš za evoluciju. Čisto matematički, verovatnoća da ćeš naći planinu koja je slučajnim procesima erozije postala baš takva kao Rašmor je veća od verovatnoće da se sve gore navedeno baš eto slučajno uklapa u isti naučni model.

To je problem, Zvonko. Ti veruješ u jednu ooooogromnu slučajnost, daleko veću nego bilo kakva koja je potrebna za evoluciju. A ni ne primećuješ, već misliš da je to naš problem...

[Guest Alefshin]

Овај др( или мр?) Бабић јесте стварно вриљанатан ум. Са друге стране тај би комотно могао у 2-3 овакве гломазне, елегантне поруке да `докаже` да Бог не постоји.

[grigorije 2]

http://www.strateias.org/ERV.pdf